元山寺的前身真武庙，供奉道教大神“真武大帝”（也称“北极真武玄天上帝”），最初为道教活动场所。

      明万历年间真武庙扩建，改为“玄山寺”，在供奉“玄天上帝”等诸神的同时，兼祀“释迦牟尼”、“达摩”、“弥勒”、“观世音”等诸佛像。

      自此以后，元山寺释道汇流，神佛一家，难分彼此，寺内既有道教的所在，又有佛教的所在。清乾隆《陆丰县志·祠庙寺观》仍沿用“寺”称谓，至清光绪六年（1880年）重修殿宇时又改称“元山祖庙”。1984年经惠阳地区统战部批准，改称为“元山寺”。

      正因为如此，元山寺祀奉的“玄天上帝”，在民间也渐渐地被“佛”化了，称为“佛祖”。神道变成“佛祖”，神佛共处，实属罕见。然宗教虽不同，“道乃归一”，此乃顺应历史潮流、顺应民心的结果，也是粤东闽南语系地区独特的民俗表现。